Il significato odierno più accreditato della parola "naturopatia" è "sentiero della natura" per mantenere o ripristinare lo stato di benessere. Il termine fu coniato nel 1895 dall'americano John Scheel, medico di New York, ed ha le sue radici nelle parole inglesi "nature" e "path", da cui "nature's path", "sentiero della natura".
Controverso rimane il significato etimologico fatto risalire alla parola latina "natura" ed alla parola greca "pathos" (simpatia, empatia, sentimento, sofferenza) il cui risultato più logico sembrerebbe essere "empatia con la natura".
Non esistono derivazioni dalla parola omeopatia, che peraltro designa una dottrina completamente diversa dalla naturopatia se non per la visione olistica dell'individuo che le accomuna.
La storia e la divulgazione della naturopatia varia da paese a paese. Questo fatto è legato alla legislazione sanitaria dei diversi paesi, dove ancora oggi si riscontrano divergenze di valori in diritto anglosassone (habeas corpus) e diritto romano.
Il '600 è sotto l'influsso delle grandi scoperte di Newton, Pascal, Kepler, Galileo e si hanno due indirizzi: la scuola degli Iatrochimici e degli Iatromeccanici, con il tentativo di mettere la medicina sotto il dominio delle scienze esatte. Nascono i primi giornali scientifici, e dalla grande collaborazione fra scienze naturali e medicina nasce la medicina sperimentale. Con le grandi epidemie di peste, vaiolo e tifo (Manzoni cita quella del 1629-1631) si hanno più di un milione di vittime solo nell'Italia settentrionale; si studiano difterite e scarlattina e torna dovunque l'interesse per la difesa sociale e legislativa, insieme alle disposizioni igieniche. Il '700 vede un nuovo ordinamento sistematico della scienza, mentre l'influsso della filosofia sulla medicina si fa sentire specie in Germania (Kant).
L'indirizzo sistematico si manifesta soprattutto nelle opere di due grandi medici:
Errori nella pratica caratterizzano questo indirizzo, a cui resta però il grande merito di aver intravisto la verità di una concezione vitalista o dinamica. William Culler di Edimburgo evidenzia l'importanza del sistema nervoso, mentre il suo allievo J. Brown, con il suo sistema browniano, afferma che la vita nella sua essenza non è uno stato normale, ma costretto e mantenuto da continui stimoli (sedativi e salassi fanno parte della cura). Dall'orientamento verso la sistematica hanno origine altri sistemi come il mesmerismo o magnetismo animale: contemporaneo è Samuel Hahnemann, medico tedesco, che sollecita le difese naturali dell'organismo (dynamis), e individua il meccanismo che ha portato il paziente alla rottura di quell'equilibrio che lo avrebbe altrimenti difeso dalla malattia. Sviluppa il concetto di "similitudine" ed è considerato il padre della dottrina omeopatica. Il XIX secolo vede il consolidamento della posizione della scienza medica, l'ordinamento degli studi e dell'esercizio professionale. Le grandi correnti intellettuali, sociali e politiche influenzano molto la medicina, così come i progressi della fisica e della chimica. Si passa dalla concezione microbiologica a quella neo-ippocratica con due indirizzi: clinico-curativo e igienico–preventivo (evoluzione dei classici dell'antica medicina greco-romana). È in questo contesto che prende voce in Europa, soprattutto in Germania, la naturopatia occidentale, intesa come disciplina organica esercitata in forma professionale. Jean Jacques Rousseau invece struttura con il suo pensiero le basi filosofiche della naturopatia: vita semplice e tranquilla a contatto con la natura. Shoenenberger (1865-1933), Germania, professore e rettore dell'Istituto Universitario di Idroterapia che ribattezza Clinica Universitaria per la vita e cura naturale, è il primo a portare in ospedale la naturopatia e a sistemizzare le terapie naturopatiche in forma clinica ufficiale (è un grande estimatore di Vincent Priessnitz).
J. Thomson e Stanley Lief sono invece i due maggiori naturopati inglesi, sottolineano l'importanza del digiuno, della regolarità intestinale, dei bagni caldi e d'aria fresca, riposo a letto… e succo d'arancia, anche per 72-93gg nella cura dell'artrite reumatoide e dell'anemia. Applica tecniche neuromuscolari (NMT) e Leon Chaitow è attualmente un rappresentante di queste tecniche. Arno R. Koegler, Canada, nato in Sassonia 1898, è il modello di ispirazione della nuova generazione di studenti di naturopatia.
Il termine naturopatia fu usato ancora prima del 1900, pare, dal Tedesco Benedict Lust. Istruito dal Padre Sebastian Kneipp in idroterapia e altre cure naturali ebbe da lui il compito di divulgare i suoi metodi negli Stati Uniti. A New York, nel 1905, fondò la prima scuola di naturopatia degli Stati Uniti. Facendo grandi sforzi nella promozione del suo metodo, Lust riuscì, in diversi stati, a ottenere leggi di licenza per la naturopatia. Come una grande parte delle professioni mediche (convenzionali o meno) anche la naturopatia subì un grande declino dopo il 1930: medicamenti come gli antibiotici e corticosteroidi dopo la seconda guerra mondiale furono ritenuti più efficaci delle cure naturopatiche. Si aggiunsero, dopo la morte di Lust, conflitti tra varie scuole di medicina naturale (omeopatia, medicina eclettica, fisiomedicina, erbalismo, naturopatia ecc.). Altri fattori come il decrescente livello d'istruzione in medicina naturale e il sostenimento politico per una avanzata tecnologia medica, resero sempre più popolare la medicina ufficiale. Malgrado tutti questi problemi, la naturopatia non cessò di esistere e a partire del 1956 con l'apertura del National college of Naturopathic Medicine a Portland, Oregon, riprese terreno grazie anche all'integrazione, nel metodo, di criteri scientifici. Nel Regno Unito la naturopatia è strettamente legata all'osteopatia.
In Germania venne introdotta costituzionalmente, tra il 1869 e il 1873, la libertà curativa (un'iniziativa di medici accademici che vollero eliminare intrusioni statali nel loro mestiere). In seguito si formarono associazioni che entro il 1928 si unificarono in un'organizzazione integrale, il Grossverband Deutscher Heilpraktiker. Dopo la seconda guerra mondiale, nel 1945, le associazioni dei Heilpraktiker si organizzarono, a livello sindacale, come associazioni di liberi professionisti e si diede il via a scuole, strutture e infrastrutture professionali private. La maggior parte di loro pratica medicina naturopatica.